毕业分配在特定时期内，起到了推动人才流动和资源调配、协调不同行业和地区利益的作用。但随着市场经济体制的建立，其弊端愈发显现。

　　具体来说，主要问题有：1、统得过死，包得过多，毕业生、学校与用人单位不能事先了解、互相选择，容易造成人才配置与岗位的不适应，不利于调动三方积极性。2、对用人单位来说，只有接收的义务，没有选择的权利。不管是否需要，全部按计划分配，容易在造成人才积压浪费的同时，又难以得到急需人才的指标。3、对学校来说，统一分配毕业生，割断了学校与社会的联系，课程的设置和专业结构可以不考虑社会需求，教育效果难以得到实践检验。4、对学生来说，一进校门，就捧上“铁饭碗”，成了当然的“国家干部”，毕业即就业，缺乏学习的内在动力；分配时，处在“听天由命”的被动地位，无法按自己的能力、特长和爱好选择合适的工作。

　　因此，中央在1985年就表示，要改革大学生的招生制度和毕业生分配制度。到了1993年，党中央和国务院正式提出，改革高等学校毕业生统包统分和“包当干部”的就业制度，实行少数毕业生由国家安排就业，多数由毕业生“自主择业”的就业制度。经过两三年的调整过渡，到上世纪90年代中后期，毕业分配基本退出了历史舞台。